Le Musée international du long cours cap-horniers, situé dans le quartier de Saint-Servan retrace l'histoire de la navigation au long cours et plus particulièrement des capitaines au long cours et des marins qui franchissaient le redouté Cap Horn.
Le musée d’Histoire de la Ville et du Pays Malouin créé en 1862 présente plus de 8000 pièces allant de l'époque romaine jusqu'au XXe siècle.
A Rothéneuf, se trouve la maison du XV et du XVIe siècle qui abrite le Musée-Manoir de Jacques Cartier. Il présente la vie et les explorations que fit Jacques Cartier au Canada.